Trong cuộc bầu cử Quốc hội khóa II, Tôn Đức Thắng cùng nhiều đại biểu Nam Bộ khác được lưu nhiệm và tại kỳ họp thứ nhất Quốc hội khoá II (tháng 7/1960), cựu Trưởng ban Thường trực Quốc hội Tôn Đức Thắng được cử làm Phó Chủ tịch nước. Phó Chủ tịch Tôn Đức Thắng từ tháng 9/1969 thực hiện điều vinh quang “kế tiếp chức vụ của Hồ Chủ tịch” cho đến khi đất nước thống nhất, Bắc-Nam liền một dải. Cuộc bầu cử Quốc hội chung cả nước lần thứ 2 (năm 1976) đưa đến thành lập Quốc hội thống nhất và Quốc hội khóa VI trong năm ấy đã quyết định thành lập nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Tại kỳ họp đầu tiên của Quốc hội này, cụ Tôn Đức Thắng được bầu làm Chủ tịch nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam.